ARRAY

DEFINICIÓN

Colección ordenada de elementos inmovilizados en un soporte sólido. 

FUNDAMENTO

Se pueden estudiar distintos loci del genoma de forma simultánea. 

UTILIZACIÓN.

  Estudio de DNAs genómicos (genoma).  Estudio de RNAs y cDNAs (transcriptoma).  Estudio de  proteínas (proteoma). Estudio de muestras (tejidos). 

TRANSCRIPTOMA.

Obtención de muestra tisular (debe expresarse el gen que codifca para ese ARNm a estudiar). (Ej. Quiero estudiar ARNm de la insulina: muestra tisular de páncreas). Purificación del RNA.  Inmortalización del RNA en forma de DNAc. 

PASO A PASO...

Obtención de la muestra.  Hibridización.  Scan con laser confocal.  Análisis de datos. 

UTILIZACIÓN.

Estudio de variantes de nucleótido único (de un mismo gen, de distintos genes, etc.). Genotipificación.  Estudio de variantes en el número de copias. 

VARIANTE DE NUCLEÓTIDO ÚNICO (SNV). ¿Qué técnica de secuenciación puedo emplear?

Sanger. NGS.  Array.

Color verde: el individuo es homocigota para ese locus.  Color amarillo: el individuo es heterocigota para ese locus.  Color rojo: el individuo es homocigota para ese locus. 

ESTUDIO DE PATOLOGÍAS. ¿Qué hay que tener en cuenta?

Tipo de herencia. Ej. herencia mitocondrial.

VENTAJAS :)

DESVENTAJAS :(

EJEMPLO 1.

El gen que codifica para la insulina (hormona) presenta variantes en 5,6,7 loci en una población....

SNPs-arrays

Variante en un unico nucleótido. 

SONDA

"Marcador." Oligonucleótido (15-20 nucleótidos).

EJEMPLO DE SONDAS

Un inviduo es homocigota para la citocina en la posición "x" del genoma. 

SE PUEDEN ANALIZAR VARIANTES DE UN SOLO NUCLEÓTIDO DE UN ÚNICO GEN COMO DE DISTINTOS GENES.

APLICACIÓN ¿Cuándo hago ARRAY?

Estudio de variantes de nucleótido único. Estudio de patologías monogénicas (monoalélicas y polialélicas). Estudio de patologías poligenicas o multifactoriales (ej. diabetes).  Estudio de genes grandes. 

PARA EL DISEÑO DEL ARRAY DEBO ANTES CONOCER LAS VARIANTES DESCRIPTAS PARA ESE GEN.

ARRAY CGH.

Se utiliza para estudiar variantes en el numero de copias (CNVs). 

*ANALISIS DE MACROLESIONES.

Microarray.  Técnica de bandeo.

DOT BLOT REVERSO.

IMPORTANTE CONOCER LAS LIMITACIONES DE CADA TECNOLOGÍA DE SECUENCIACIÓN.

IMPORTANTE REPASO!!!

IMPORTANTE.

EJemplos.  Quiero estudiar 5 variantes de nucleótido simple:  Array (debo conocer la variante a estudiar).  Sanger (debo conocer la secuencia donde se encuentra la variante a estudiar).

IMPORTANTE.

Ejemplos. Quiero estudiar un gen de 7 genes.  Array.  NGS. Sanger.     

IMPORTANTE.

Ejemplos.  Quiero estudiar un gen de 4 exones.

UN GEN TIENE UN PROMEDIO DE 4 EXONES.

DISEÑO DE PRIMERS.

5' - TAC GTA GCT AGC TGA TCG ATC GTA CGT ACG TAC GTA CG - 3'.  H. CODIFICANTE. 3' - ATG CAT CGA TCG ACT AGC TAG CAT GCA TGC ATG CAT GC -5'. H. TEMPLADO. Primer forward. 5' - TACGT -3'. (Se une a la hebra templado, obtengo la hebra codificante). Primer reverse.  5' - CGTAC -3'. (Se une a la hebra codifciante, obtengo la hebra templado).