Es posible elegir entre tres sistemas de archivos distintos para las particiones del disco:

FAT: se puede acceder a este sistema desde MS – DOS y todas las versiones de Windows. Permite trabajar con particiones menores de 2 GB y no soporta dominios.
FAT32: se puede acceder a este sistema desde Windows 95, 98, 2000, XP y Server 2003. permite trabajar con particiones mayores de 2 GB, el tamaño máximo de un archivo es de 4 GB y no soporta dominios.
NTFS: sistema desarrollado para Windows NT 4 que permite nombres de archivo de hasta 256 caracteres, ordenación de directorios, atributos de acceso a archivos, reparto de unidades en varios discos duros, reflexión de discos duros y registro de actividades.

En Windows server 2000 se incluyeron mejoras que permitían utilizar Active Directory, dominios, cuotas de discos, cifrado y compresión de archivos.