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Unidad No. 4
Diseño de compuestos activos basado en el receptor
Elaborado por: Vásquez Cerqueda I. David
¿Qué es docking?
Búsqueda del modo de unión preferido del ligando en un complejo ligando-receptor
Posibilidades del docking
Elucidar mecanismo de acción
Optimización de la actividad
Se necesita...
-Estructura del ligando
-Estructura de la diana biológica
Ejemplos de bibliotecas químicas comerciales
ZINC
MDL
CHEMSTAR
Programas para hacer docking
Glide
AutoDock
Dock
FRED
Consideraciones para el ligando
Estado de protonación, tautomerismo y flexibilidad durante el docking
Etapas del docking
1 Búsqueda
11 Cálculo de energía (scoring)
Validación de protocolos de Docking
Reproducir coordenadas de ligando, si es que hay (RMDS)
Modo de unión reportado
Post-procesamiento
Selección automatizada
-Ranking
-Score
Eliminar falsos positivos
Consensus Docking
Consensus scoring
En qué no es tan bueno el Docking
En el scoring
Complicaciones del diseño de NOVO
La síntesis del compuesto puede ser dificil
Desventajas del diseño con base a fragmentos
Es necesaria la caracterización estructural, más costoso
La síntesis para unir fragmentos puede ser complicada
