Unidad No. 4
Diseño de compuestos activos basado en el receptor

Elaborado por: Vásquez Cerqueda I. David

¿Qué es docking?

Búsqueda del modo de unión preferido del ligando en un complejo ligando-receptor

Posibilidades del docking

Elucidar mecanismo de acción
Optimización de la actividad

Se necesita...

-Estructura del ligando
-Estructura de la diana biológica

Ejemplos de bibliotecas químicas comerciales
ZINC
MDL
CHEMSTAR

Programas para hacer docking
Glide
AutoDock
Dock
FRED

Consideraciones para el ligando

Estado de protonación, tautomerismo y flexibilidad durante el docking

Etapas del docking

1 Búsqueda
11 Cálculo de energía (scoring)

Validación de protocolos de Docking

Reproducir coordenadas de ligando, si es que hay (RMDS)
Modo de unión reportado

Post-procesamiento
Selección automatizada

-Ranking
-Score

Eliminar falsos positivos

Consensus Docking
Consensus scoring

En qué no es tan bueno el Docking

En el scoring

Complicaciones del diseño de NOVO

La síntesis del compuesto puede ser dificil

Desventajas del diseño con base a fragmentos

Es necesaria la caracterización estructural, más costoso
La síntesis para unir fragmentos puede ser complicada