Nació el 21 de marzo de 1685 en el seno de una familia que durante siete generaciones dio 52 músicos de importancia, en Eisenach, Turingia (Alemania).
Recibió sus primeras lecciones musicales de su padre, Johann Ambrosius. Cuando éste falleció, se fue a vivir y estudiar con su hermano mayor, Johann Christoph, por entonces organista de Ohrdruff.
En 1700 comenzó a trabajar como miembro del coro de la iglesia de San Miguel, en Lüneburg. En 1703 pasó a ser violinista de la orquesta de cámara del príncipe Johann Ernst de Weimar, para pasar en ese mismo año a Arnstadt, donde se convirtió en organista de iglesia.
A finales de 1705 consiguió un permiso para cursar estudios con Dietrich Buxtehude, organista y compositor danés afincado en Alemania . En 1707 contrajo matrimonio con Maria Barbara Bach, prima segunda suya, y se trasladó a Mulhose, donde trabajó como organista en la iglesia de San Blas. Un año después regresó a Weimar como organista y violinista de la corte del duque Wilhelm Ernst. Allí permaneció durante los siete años siguientes y se convirtió en concertino de la orquesta de la corte en 1714. En Weimar compuso unas 30 cantatas, obras para órgano y clavicémbalo. Tras un año de la muerte de su mujer en 1720, se casó con Anna Magdalena Wilcken, cantante e hija de un músico de la corte que le dio trece hijos, además de los siete que había tenido con su anterior esposa.
Johann Sebastian Bach comenzó a quedarse ciego el último año de su vida, falleciendo en Leipzig.el 28 de julio de 1750, tras someterse a una fallida operación ocular. Dejó su influencia en músicos posteriores como Mozart, Beethoven, Mendelssohn o Chopin.

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