La provincia de Galápagos posee un régimen de gobierno especial.

Su administración está a cargo de un consejo de gobierno, que se conforma con el representante
de la Presidencia dela República, por las alcaldesas y alcaldes de los municipios, por los y las representantes
de las juntas parroquiales y por otros organismos que determina la ley.
La planificación ,la organización y los proyectos de desarrollo en Galápagos deben ir estrictamente de la mano con los principios de conservación del patrimonio natural.
Cada región autónoma elige un Consejo Regional y a su gobernadora o gobernador por votación popular. Los consejeros regionales seleccionan de forma proporcional a la población urbana y rural; entre ellos se elige una
vicegobernadora o vicegobernador. Todas las dignidades duran cuatro años
en sus funciones.

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