Οι κατάλογοι (φάκελοι) είναι αρχεία ειδικής μορφής.
Τα συστήματα καταλόγων ενός επιπέδου προορίζονται για συστήματα με πολλούς χρήστες.
Στα ιεραρχικά συστήματα καταλόγων κάθε χρήστης έχει τον δικό του βασικό κατάλογο.
Τα απόλυτα ονόματα διαδρομής συνδυάζονται με τον τρέχοντα κατάλογο εργασίας που ορίζεται από τον χρήστη.
Τα απόλυτα ονόματα λειτουργούν παντού ενώ τα σχετικά χρησιμεύουν κυρίως για τοπικές εργασίες.
Οι παρακάτω λειτουργίες είναι λειτουργίες καταλόγων: create, delete, opendir, closedir, readdir, rename.
Οι λειτουργίες link και unlink δημιουργούν πολλαπλά αντίγραφα ενός σε αρχείου σε διαφορετικούς καταλόγους.
Οι πραγματικοί σύνδεσμοι (hard links) δείχνουν στην ίδια δομή ενώ οι συμβολικοί σύνδεσμοι (symbolic links) είναι ονόματα που δείχνουν σε ένα ειδικό αντικείμενο.
