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GCH y aplicaciones en cáncer

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GCH cancer
Eugenia López González
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Eugenia López González
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GCH y aplicaciones en cáncer
  1. Alteración en número de copias de ADN: manera en que la expresión génica y la función pueden ser modificadas.
    1. Variaciones entre individuos normales, curso de procesos normales en algunas especies y otros participan en la causa de diversos estados de enfermedad.
      1. Identificación de genes cruciales y vías implicadas en los procesos biológicos y enfermedades.
        1. Array GCH:valor para el análisis de ADN variaciones del número de copias.
          1. Estado del arte de la gama de GCH y aplicaciones en el cáncer.
            1. GCH
              1. Primer enfoque eficiente para escanear todo el genoma de las variaciones en el número de copias de ADN
                1. Medición típica CGH: gDNA total se aísla de las pruebas y de la célula de referencia poblaciones, diferencialmente etiquetados e hibrida a los cromosomas en metafase o los microarrays de ADN.
                  1. Intensidad de hibridación relativa de las señales de ensayo y de referencia en un lugar determinado= proporcional al número de copias relativo de esas secuencias en los genomas de ensayo y de referencia.
                    1. ADNc: matrices hechas de ácidos nucleicos menos complejos, seleccionan los productos de PCR y oligonucleótidos
                      1. Procedimientos de CGH :utilizan la hibridación con el ADN genómico total.
                        1. Análisis computacional de la secuencia del genoma: para diseñar elementos de la matriz complementarias a las secuencias contenidas en la representación .
                          1. Factores de rendimiento: cambios del número de copias, extensiones genómicas, el estado y la composición de la muestra, la cantidad de material disponible para el análisis y cómo se utilizará los resultados del análisis.
                            1. CGH array: análisis de las anomalías constitucionales.
                            2. ADN estudio - verde ADN control- rojo Matrices BAC: se usa como ADN control
                              1. APLICACIONES ONCOLÓGICAS: array GCH
                                1. Heterogeneidad e Inestabilidad genómica: no detectable por CGH
                                  1. Se pueden producir muchos tipos de inestabilidad, lo que resulta en mutaciones puntuales, reordenamientos cromosómicos, anormalidades de dosis de ADN, alteración de las secuencias microsatélites y los cambios epigenéticos como la metilación.
                                    1. Estudios de seguimiento que utilizan: análisis de expresión, inmunohistoquímica, FISH, secuenciación del ADN, microarrays de tejidos y los estudios funcionales en cultivo de tejidos y modelos animales.
                                      1. Genomas tumorales= amplia variedad de fenotipos número de copias =diferentes tipos de inestabilidad genética.
                                        1. Amplia gama de fenotipos genómica: información sobre las ubicaciones de los genes del cáncer importantes.
                                          1. Conocimiento de aberraciones en número de copias: uso clínico inmediato en el diagnóstico y pueden proporcionar información pronóstica útil.
                                            1. Leucemia linfocítica crónica se han producido para su uso con los ensayos clínicos para facilitar las determinaciones de la relación entre las opciones terapéuticas y aberraciones genómicas.
                                              1. Cáncer de próstata, cáncer de mama, linfoma: Asociación de ADN aberraciones número de copias con el pronóstico.
                                                1. Tumores de colon
                                                  1. Genes supresores de tumores: eliminación de todas las copias de un gen, la eliminación de una copia y la mutación o alteración epigenética de los otros .
                                                    1. Deleciones homocigóticas focales en las regiones de deleción heterocigota frecuente o pérdida de heterocigosidad
                                                    2. ANÁLISIS DE DATOS
                                                      1. Enfoques primarios procesados- para obtener perfiles de proporción
                                                        1. Principales aberraciones en genoma: frecuencia evidente por medio de inspección
                                                          1. Criterio para mejorar interpretación: aplicar umbrales que pueden elegir por el examen de la distribución de todas las proporciones medidas. NO EN TUMORES
                                                          2. Variaciones en el genoma: solo una pequeña proporción del genoma esta dentro del radio normal
                                                            1. Enfoques estadísticos limitados a examen de perfiles de relación: no pueden evaluar fiabilidad de relación de aberración que afecta un único elemento de matriz
                                                            2. PREPARACION DE LAS MUESTRAS
                                                              1. Calidad de preparaciones de ADN: datos resistentes
                                                                1. Cantidad de muestras de ADN: con frecuencia una restricción en medición de CGH
                                                                  1. Contaminantes : a veces copurifican con el ADN y producen anormalidades en las proporciones
                                                                  2. Consideraciones técnicas en CGH array Hibridación señales.
                                                                    1. Señales de Hibridación
                                                                      1. Producción de variables: en diferentes matrices
                                                                        1. Señales: intensas, específicas, cuantitativas
                                                                          1. Estrategia alternativa para evitar errores: hibridacion de un solo genoma en una matriz y comparar con un resultado de control histórico.. poniendo mas filtros de control en reproducción de matrices e híbrida en condiciones optimas se puede evitar reducciones de información.
                                                                        Show full summary Hide full summary

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