MAPA MICRO

Los microorganismos están compuestos por 4 grupos taxonómicos

bacterias

virus

arqueas

fungi

Se dividen en

Procariotas

Eucariotas

Se diferencian por

Morfología

Fisiología

filogenia

contribuyen al ecosistema

marino y terrestre

el sostenimiento de la tierra depende de ellos

Participan en gran variedad de actividades como

Biocombustible

Alimentos

Antibioticos

Su clasificación taxonomica se divide en 3 partes

Clasificación

Nomenclatura

Identificación

organización para similaridad

nombrar el microorganismo

identificar que pertenece a un determinado grupo

1. Biogeografia de la diversidad microbiana

Es muy variable

Supera la infromación ya recopilada

Puede cambiar dentro del mismo habitat

Métodos de estudio

Metagenomica

Biogeografía

filogenia

Diversidad

ALFA

BETA

GAMMA

Misma comunidad y área

2 o más áreas

Región, entre continentes o biomas. Grupos muy grandes

2. Evolución microbiana

Filogenia: relacion evolutiva de los microorganimos

Cronómetros de la evolución

Proteínas

genes

16S rDNA es la mas confiable para relaciones evolutivas de bacterias y arqueas

18S es utilizada para el grupo fungi

- Deben de haber secuencias conservadas

- La lentitud de los cambios es fundamental para el análisis

- Función homologa

criterios

3.Filogenia microbiana

Todos los organismos tienen un antecesor común

2 dominios procariotas

1 dominio eucariota

Arqueas

Eubacteria

Los diferentes organismos representan los cambios que ocurrieron durante su evolución

Estudio del genóma y su supervivencia

DIVERGENCIA

Diferencia en las secuencias fijas de los grupos

Aislamiento reproductivo

Transferencia horizontal

Cambios en el ambiente y brinda mayor capacidad adaptativa

previene que haya una cantidad de cambios muy grande

4. Procariotas: bacterias y arqueas

Arqueas

Más primitivas

Habitan en condiciones extremas

tiene similaridades con las eucariotas

5. El concepto de especie

Enfoque polifásico, utilizando propiedades genotípicas y fenotípicas

Descripición

1. Aislar en cultivo + prueba en condiciones estandar

pertenece a una especie si

valor de reasociación >70%

temperatura de fusión (ΔTm) es inferior a 5oC

Todas las cepas de una especie deben mostrar fenotipos similares

La descripción de una especie debe basarse preferiblemente en las características de más de un tipo de cepa

Si las secuencias de ADNr 16S de los organismos son ≤ 98,7% o ≤ 97% idénticas, son miembros de diferentes especies

Ecotipo

taxón inferior al de la cepa es el ecotipo, es decir, aquellos microorganismos que ocupan un nicho ecológico y se adaptan a las condiciones de ese nicho

6.Taxonomía polifásica

subespecies

cepas

Ecotipos

Se debe de incluir en la clasificación

fenotípica

Genotípica

Filogenética

información

características de la colonia, tipo de célula, tipo de pared celular, patrones de pigmentación, proteínas y otros marcadores quimiotaxonómicos

Derivan de los ácidos nucleicos

estudian las similitudes entre organismos diferentes

6.1.Técnicas fenotipicas

Técnicas nuevas y mas modernas

secuenciación de ADN / ARN o sus métodos de tipificación

Caracterización fenotipica

estudio de las características morfológicas y los perfiles quimiotaxonómicos

Clásico

características de la colonia, análisis bioquímicos y fisiológicos

La microscopía óptica se utiliza generalmente para describir las características de las células amplias

6.2 taxonomía numérica

Los análisis de grandes volúmenes de datos fenotípicos para derivar relaciones significativas entre un gran número de microorganismos pueden llevarse a cabo utilizando programas de computadora

Ponderación numérica

Análisis computacional

Matríz de datos

Análisis de conglomerados

Dendrogramas

6.3Composición de la pared celular

clasificar en tipos de bacterias Gram-positivas, Gram-negativas y acidorresistentes

Análisis de peptidoglicano

TIPO A O B

Modo de reticulación

Aminoácidos

6.4 Análisis de ácidos grasos

Arqueas

Bacterias

-Bicapa lipídica

- Esfingolípidos

- Capinos

- Hopanoides

-Fosfolípidos

- Glicolípidos

- Aminofosfolípidos

Se extraen, se esterifican y se analiza

mediante cromatografía de gases

6.5 Quinonas

isoprenoides

componentes que se encuentran en las membranas citoplasmáticas de los procariotas (arqueas y bacterias)

Naftoquinonas

Benzoquinonas

De distinguen mediante su longitud, grado y posición de saturación

6.6 Espectroscopia avanzada y métodos espectrometricos

6.7 Otros métodos

Análisis de proteínas de células completas

La proteína se extrae de las células y se analiza mediante electroforesis en gel de poliacrilamida-dodecilsulfato de sodio (SDS-PAGE)

Las poliaminas

Esta se usa para poder distinguir la especie y género

Los citocromos

transferencia de electrones

-identificación

Espectrometría de masas con pirolisis

Espectroscopia infrarroja

Espectroscopia Raman

se separan en función de masa y de carga

No requiere cientos de células

nos ayuda a discriminar las diferentes cepas

7. Tecnicas genotipicas

Todas las técnicas que involucran ADN o ARN se incluyen en métodos genotípicos.

Análisis basados ​​en rDNA 16S

secuenciación del gen 16S rRNA de las bacterias

secuencia del gen del ARNr 23S

falta de bases de datos completas para comparar es un inconveniente

buen marcador taxonómico para derivar relaciones taxonómicas

Para los estudios taxonómicos reales, se considera un valor de corte del 98,5%

construir árboles filogenéticos o dendrogramas para revelar la posición taxonómica de un organismo

determinación del porcentaje en moles de guanosina y citosina

Dentro de las especies, el contenido de G + C varía dentro del 3% y dentro de los géneros el 10%

Hibridación ADN-ADN

medida indirecta de la similitud de secuencia entre genomas

se aplica sólo cuando las secuencias del gen de ARNr 16S muestran valores de similitud superiores al 98%

Se considera un valor de corte del 70% de similitud

Otros métodos de genotipado

polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP)

ADN polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD)

polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP)

análisis de restricción de ADN ribosómico amplificado (ARDRA)

reacción en cadena de polimerasa de elemento repetitivo (REP-PCR)

los análisis de secuencias de múltiples locus (MLSA)

7. Hongos

el apareamiento sexual no ocurre en todos los hongos

Las relaciones evolutivas entre los hongos no han sido bien delineadas

la filogenia fúngica se ha clasificado usando morfología

composición de la pared celular

ultraestructura celular

citología y metabolismo

estudio de fósiles

clasificación

análisis de restricción de la región del espaciador transcrito interno (ITS)

el ADNr 18S

el RFLP

Los ADNr 5S, 5.8S, 18S y 25S se consideran para estudios filogenéticos

8. microorganismos no cultivados

La metagenómica

Método de estudio

el 99% de la población microbiana se considera no cultivable

secuenciación de próxima generación (NGS)

CLÁSICA

FUNCIONAL

extrayendo ADN ambiental seguido de secuenciación de novo o amplificación de rDNA 16S / 18S utilizando cebadores específicos

amplificación de genes de interés (generalmente antibióticos, enzimas, etc.) y su clonación en un objetivo seleccionado microorganismos para producir el metabolito de interés

pirosecuenciación Roche 454

Illumina

9. Taxonomía de virus

clase politética de virus que constituye un linaje que se replica y ocupa un nicho ecológico particular

¿QUÉ ES?

no se consideran procariotas ni eucariotas

secuenciación de genomas virales

Métodos de análisis

dsDNA, ssDNA, rtDNA, rtRNA, dsRNA, ssNRNA, ssPRNA, SAT (satélites), VIR (Viroids), UN (no asignado)