Alinhamento de sequências

Alinhamento de sequências

1. Simples

   • Local
     • Método de K-tuples
       • Mais rápido
       • Blast
         • https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
         • Seeding, Extension, Evaluation.
         • Score
           • Qualidade de sequências alinhadas
         • E-value
           • Quanto menor, mais significativo o score
           • *E<10^-100=genes homólogos ou idênticos; *E<10^-3=podem estar relacionados; *0,5<E<1 = Twilight zone; *E>1=sem relação.
     • Programação dinamica (PD)
   • Global
     • Algorítmo de Needleman-Wunsh
       • Alinhamento a partir de soluções para sequências menores
       • https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/
       • Programação dinâmica
   • Relação entre duas

2. Multiplo

   • Local
   • Global
   • Relação entre multiplas
   • Programação dinâmica; Alinhamento progressivo; Pontuação baseada em consistência; Métodos interativos de refinamento; Modelos ocultos de Markov;
   • https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
   • http://tcoffee.crg.cat/

3. Melhor alinhamento:

   • Conhecer a família de proteínas
   • Verificar regiões conservadas e não conservadas
   • Testar vários programas

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