Karteikarten
Hankeln 4
Karten in diesem Stapel (22)
- 1Worauf basiert molekulare Phylogenie?Basiert auf dem Vergleich von Sequenzen (DNA oder Protein)
- 2Was wird bei der molekularen Phylogenie untersucht?1. Verwandtschaft von Organismen
2. Verwandtschaft zwischen Genen/Proteinen (Genomevolution)
3. Ausbreitung von Lebewesen (Epidemiologie) - 3Was sind die Vorteile der molekularen Phylogenie?1. Sequenzen sind direkt vererbt (keine Umwelteinflüsse)
2. S. sind in großer Menge kostengünstig und schnell zu erhalten)
3. S. sind frei von Interpretationseinflüssen
4. S. erlaufen Vergleich über große Distanzen (PILZ, Tier) - 4Was ist Dichotomie und Polytomie?
- 5Was gibt es für Stammbaumtypen?Unrooted (Ohne Außengruppe)
Rooted (Mit Außengruppe) - 6Was ist der unterschied der beiden Stammbaumtypen?unrooted
-> keine Verwandtschaftsverhältnisse
-> Keine Evolutionsrichtung
rooted
-> mit Evolutionsrichtung
kann jedoch auch falsch sein (braucht extra Background information)
Wahrscheinlichkeit an möglichen rooted trees sind sehr hoch - 7Welcher Sequenz vergleich macht Sinn?Vergleich aufgrund von Homologie und nicht konvergenz!
- 8Wie ist die Allgemeine Vorgehenesweise zur erstellung eines Stammbaums??Multiples Sequenzalignment erstellen (DNA oder Protein)
Sequenzen vergleichen > Ähnlichkeit bestimmen
Aus Ähnlichkeitsmaß die Verwandtschaft rekonstruieren (Baum - 9Wann benutzzt man DNA und wann Protein?DNA
-> hohe Verwandtschaft (SARS Varients unter Menschen)
Protein
-> Virus von verschiedenen Spezies - 10Warum ist es nicht einfach, das „beste“ Alignment zu konstruieren?Alignment ist immer nur eine Hypothese zur Sequenzevolution
hohe Zahl an möglichen Alignments schon bei einer geringen Bp Sequenz - 11Was sind die Alignment strategien?
- 12Was ist ein Evolutionsmodell?Ein ‚Evolutionsmodell‘ basiert auf empirischen Daten! Zum Beispiel hier:
Ich weiß, die Aminosäure Cystein ist für die Proteinstruktur äußerst wichtig
(jede Sequenz ist potentiell alignable aber macht dieses Alignment auch sinn?)
- 13Was ist die wichtige Rolle von Cystein?- Cysteine sehr konserviert während der Evolution
- Dienen als Ankerpunkt zweier Sequenzen - 14Nach welchem System erfolgt die Bewertung der Ähnlichkeit zweier Sequenzen?Durch den Similarity Score (S)
- 15Was ist Indel?Mutation
führt zu Polymorphism wegen Insertation oder Deletion - 16Was ist eine Substitutions Matrize bei Proteinen?AS können chemisch sehr ähnlich sein
"Kosten" für bestimmte AS Austausche sind faher unterschiedlich hoch - 17Was sind Pam Matrizen?zwei AS stehen in einem Alignment gegenüber
+ Score-> funktional konserviert
- score -> nicht gleich
- 18Was ist Needleman-Wunsch?Vergleich von 2 Sequenzen
Bei Erstellung des Alignments werden zunächst kleine Problem-Schritte gelöst. Dann wird aus den Teillösungen das Gesamtalignment rekonstruiert
Exacte Vorgehensweise, aber Zeitintensiv
- 19Was ist progressive Alignment?- Multiple Sequenz Alignment
- quick and dirty - 20Wie verläuft progressive Alignment?1. Sequenzenvergleich
-Alle Sequenzen werden paarweise miteinander verglichen
2. Cluster Analyse
- Erstellen eines Guide trees
3. Progressive Alignment
- Alignment von nahe verwandten Sequenzen (ähnliche zuerst)
4. sukzessives globales Alignment
-> alte gaps erhalten, neue hinzugefügt - 21Was ist die Distanz methode? Was ist UPGMA?Berechnung der unähnlichkeiten der alignment Sequenzen
Unweighted Pair Group Methode using Arithmetric Means - 22Was ist das Problem von UPGMA?
Informationen
- Beschreibung
- Der Nutzer hat seine Fachbereichs-Information gelöscht. Karteikarten am Hankeln 4, erstellt von Gelöschter Nutzer am 21/09/2024.
- Erstellt von
- Gelöschter Nutzer · Sep 2024
- Aktualisiert
- 21 Sep 2024
- Aufrufe
- 12
- Verlauf
-
- Erstellt von Alicia L · 21 Sep 2024
- Kopiert von Alicia L · 21 Sep 2024
- Bewertung