Las reglas del método:

La evidencia. Es el criterio de verdad. No aceptar como verdadera alguna cosa si no sabemos con evidencia lo que es. La evidencia consiste en la claridad y distinción. Lo distinto se opone a lo confuso .Una idea distinta es aquella cuyas partes están separadas entre sí (clara y distinta). Una idea puede ser clara sin ser distinta, pero si es distinta ha de ser clara también. La evidencia caracteriza al método científico y se opone a la probabilidad. No admite ningún grado intermedio. Hay que evitar dos vicios fundamentales: 1.1 La precipitación: o tomar por verdadero lo que no lo es. Se produce por un exceso de confianza. Contra ella propone la circunspección, abstenernos de juzgar hasta que no tengamos evidencia. 1.2 La prevención: o negarse a aceptar la verdad de lo que es evidente. Es el vicio opuesto a la precipitación.
El análisis, consiste en dividir cada una de las dificultades que examinare en tantas partes como fuere posible para su mejor resolución. Las llamadas cuestiones, es todo aquello en que se encuentra la verdad o la falsedad. La división de las dificultades tendrá un límite, las “naturalezas simples”, que se definen como los elementos indivisibles, que constituyen el último término del conocimiento (los átomos del conocimiento). Representan el último momento del análisis y el primero de la síntesis. Se captan por la intuición.
La síntesis, nos aconseja conducir ordenadamente los pensamientos, comenzando por los objetos más simples, e ir ascendiendo poco a poco, por grados hasta los más complejos. El segundo y tercer precepto constituyen el núcleo fundamental del método cartesiano. Una vez concluida la labor de la intuición, por la que se alcanzan las naturalezas simples, comienza el momento de la deducción, la operación por la cual se infiere una cosa de otra.
La enumeración, hacer en todo enumeraciones tan complejas y revisiones tan generales que estemos seguros de no omitir nada, hay que ordenar y enumerar estos elementos y no omitir nada. Ejemplo; el de la cadena, solo podemos estar seguros de la solidez de la cadena si hemos recorrido sin omitir ningún eslabón

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