Orígenes de la especificidad y afinidad en las interacciones proteína-anticuerpo

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• Orígenes de la especificidad y afinidad en las interacciones proteína-anticuerpo

• Responde a  la pregunta

• ¿Cómo los anticuerpos pueden reconocer a antigenos aparentemente ilimitados ?

• Para tratar de  descubrir esto

• Se emplearon dos algoritmos que predijeron las interacciones paratopo-epitopo

• Los algoritmos analizaron 111 estructuras representativas para definir la especificidad por parte de los paratopos hacie un epitopo  

• Ambos algoritmos llegan a conclusiones similares

• Los paratopos funcionales de los Ab estan potencialmente enriquecidos con residuos de aa aromaticos. 

• Tyr y Trp, representan una gran parte de los residuos de puntos calientes.

• Rodeados por cadenas laterales hidrófilas de cadena corta (Asp, Asn, Ser, Thr y Gly)

•  La mitad de los puntos calientes (ΔΔG ≥ 1 kcal/mol) son residuos aromáticos

• Los paratopos comparten características comunes reconocibles.

• Las ubicaciones de los epítopos no están restringidas por ninguna propiedad inherente de la molécula de proteína.

•  Las cadenas laterales aromáticas interactúan con otras cadenas laterales aromaticas

• La mayor parte de la superficie de una proteína puede ser antigénica con múltiples sitios antigénicos superpuestos 

• Las regiones de asa accesibles sobresalientes en los antígenos tienen más probabilidad de unirse a los anticuerpos debido a la exposición de los átomos de la cadena principal 

• Estas interacciones contribuyen con la mayor parte de la energía de unión para los complejos anticuerpo-proteína como puntos calientes