Búsqueda de ORFs.

Edgar Alvarez
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Edgar Alvarez
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ORF, marco de lectura abierto

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  1. Dada una secuencia se hizo un alineamiento con BLAST con el fin de darnos un panorama de la secuencia con la que trabajaríamos.
    1. Luego se analizo dicha secuencia con las herramientas bioinformáticas apropiadas (ORF finder, Star ORF, Gene id y GENESCAN)
      1. Se comparó cada resultado de dichos programas y con esto se determino los posibles Marcos de lectura.
        1. Luego estos marcos de lectura fueron analizados con BLAST para determinar si realmente tenia alguna función o no
          1. Se reviso cuidadosamente las secuencias y archivos enlazados a estas secuencias que producían alineamientos significativos
            1. Con ello se logro identificar a que organismo pertenecía dicha secuencia, cual era la función, que proteína producía y que gen era el responsable de todo esto.
              1. Para generar el mapa hipotético de la secuencia así como para obtener la secuencia de cDNA de los ORFs obtenidos fue necesario hacer un alineamiento con ClustalW2 el cual ayudo a aclarar la posición de los exones dados con cada herramienta así como para poder comparar los marcos de lectura dados con cada herramienta así fue como se pudo determinar in silico el mapa de la secuencia.
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