Bioinformatik - Datenbanken

Svenja
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Description

Datenbanken beinhalten Informationen über z.B. Proteine, Nukleotidsequenzen etc. Dieses Mindmap bietet einen Überblick über die bekanntesten Datenbanken in der Bioinformatik.

Resource summary

Bioinformatik - Datenbanken
1 PDB (Proteindatenbank)
1.1 Proteinsequenzen und exakte 3D-Strukturen
2 Datenbanksuche
2.1 BLAST
2.1.1 E-Value
2.2 FASTA
2.2.1 E-Value
2.3 SEARCH
2.4 PHI BLAST
2.5 MEME
2.6 PRATT
2.7 PSI BLAST
2.7.1 Positions Spezifisch Iterativ, entsprechende Matrix: PSSM (profil-/positionsspezifische Score Matrix
2.7.1.1 d.h. Matrix wird immer individuell berechnet!
2.7.1.2 Iteratives Suchen = Profil wird immer mehr verbessert, da immer neue (bessere) PSSMs generiert werden
3 PROSITE
3.1 erstellt Proteinsequenzen mit speziellem Code
3.2 Proteindomänen, -sequenzen, -motifen, -strukturen
4 PFAM
4.1 Protein Familien
4.2 HMM
5 GOLD
5.1 Genome On Line Database
5.2 enthält vollständige Genomsequenzen
6 Anderes
6.1 NCBI

Annotations:

  • National Center for Biotechnology Information
6.1.1 verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
6.2 Ensembl
6.2.1 Software, die automatisch Vermerke zum eukaryotischen Genom anlegt (z.B. Marker, SNPs, ...)
6.3 Computational Genomics
6.3.1 Software, die Statistiken über Gene macht (z.B. #Promotoren)
6.4 SSAP
6.4.1 Proteinstruktur per Vektoren, berechnet Vektordifferenzen
6.4.2 Score S = 500 / (Vektordifferenz+10)
6.5 Expasy
6.5.1 verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
6.6 Sekundärstrukturen
6.6.1 Chou Fasman
6.6.2 GOV
6.6.3 Levin
6.6.4 Rost und Sander
7 UCSC Genome Browser
7.1 Genome von Vertebraten sind einsehbar
8 SCOP
8.1 Klasse -> Faltung -> Superfamilie -> Familie
8.2 visueller Vergleich
9 CATH
9.1 Klasse -> Architektur -> Topologie -> Homologe Superfamilie
9.2 evolutionärer Vergleich
10 FSSP
11 MMDB
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