Bioinformatik - Datenbanken

PDB (Proteindatenbank)
1. Proteinsequenzen und exakte 3D-Strukturen
Datenbanksuche
1. BLAST
  1. E-Value
2. FASTA
  1. E-Value
3. SEARCH
4. PHI BLAST
5. MEME
6. PRATT
7. PSI BLAST
  1. Positions Spezifisch Iterativ, entsprechende Matrix: PSSM (profil-/positionsspezifische Score Matrix
    1. d.h. Matrix wird immer individuell berechnet!
    2. Iteratives Suchen = Profil wird immer mehr verbessert, da immer neue (bessere) PSSMs generiert werden
PROSITE
1. erstellt Proteinsequenzen mit speziellem Code
2. Proteindomänen, -sequenzen, -motifen, -strukturen
PFAM
1. Protein Familien
2. HMM
GOLD
1. Genome On Line Database
2. enthält vollständige Genomsequenzen
Anderes
1. NCBI
  Annotations:
  - National Center for Biotechnology Information
  1. verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
2. Ensembl
  1. Software, die automatisch Vermerke zum eukaryotischen Genom anlegt (z.B. Marker, SNPs, ...)
3. Computational Genomics
  1. Software, die Statistiken über Gene macht (z.B. #Promotoren)
4. SSAP
  1. Proteinstruktur per Vektoren, berechnet Vektordifferenzen
  2. Score S = 500 / (Vektordifferenz+10)
5. Expasy
  1. verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
6. Sekundärstrukturen
  1. Chou Fasman
  2. GOV
  3. Levin
  4. Rost und Sander
UCSC Genome Browser
1. Genome von Vertebraten sind einsehbar
SCOP
1. Klasse -> Faltung -> Superfamilie -> Familie
2. visueller Vergleich
CATH
1. Klasse -> Architektur -> Topologie -> Homologe Superfamilie
2. evolutionärer Vergleich
FSSP
MMDB

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