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Preparo do inóculo, uma cultura do microrganismo utilizado é inoculada em um fermentador que possui um meio de cultivo parecido com o meio de cultivo que sera utilizado para a fermentação principal, para que esse microrganismo creça.

O meio de cultivo que será usado na fermentação principal é preparado com todos os substratos, nutrientes e condições necessários para que o microrganismo possa se alimentar, e se reproduzir, mas não muito para na prejudicar o processo de fermentação. Após preparo do meio, este é esterelizado para não haver contaminação indesejada.

Fermentação principal, onde o microrganismo produtor da enzima desejada inicia o processo de fermentação, se multiplicando e como resultado da fermentação ele produz a enzima. Dependendo do microrganismo utilizado e da enzima que se deseja produzir, o processo de produção muda, por exemplo quando a enzima é resultado do metabolismo secundário do microrganismo, este vai estar em um meio de cultivo pobre em nutrientes e vai como resultado do metabolismo secundário, excretar essa enzima.

Quando a fermentação principal se encerra, a biomassa passa pelo processo de separação, onde o microrganismo é separado da enzima produzida.

Depois é calculado a concentração da enzima produzida.

Essa enzima é purificada e separada para comercialização.

O microrganismo utilizado é recuperado para próximas fermentações