La evidencia morfológica y molecular respalda el reconocimiento específico de la extinta Bettongia anhydra (Marsupialia: Macropodidae)

La evidencia morfológica y molecular respalda el reconocimiento específico de la extinta Bettongia anhydra (Marsupialia: Macropodidae)

1. METODOLOGÍA

   • Análisis morfológico
     • Examinación y comparación del holotipo B. anhydra para determinar afinidades taxónomicas
       • Holotipo B. anhydra (SAM M3582) se comparó con especímenes representativos de otras especies de Bettogonia.
       • Nomenclatura y taxonomía de grupos familiares
         • Prideaux (2004) y Predeaux & Warburton (2010)
     • Abreviaturas a tener en cuenta
       • FUR = colección de referencia de la Universidad de Flinders de Australia del Sur; SAM = Museo del sur de Australia (M: colección de mamíferos; P: colección paleontológica); WAM = colección paleontológica del Museo de Australia Occidental; QM = colección de mamíferos del Museo de Queensland.
   • Análisis genético
     • Muestra del hueso turbinal izquierdo de la cavidad nasal del cráneo de holotipo B. anhydra
       • Se realizó con pinzas estériles y luego se colocó en un vial estéril marcado.
       • Se escogió esta parte porque se encuentra protegida en gran medida de la contaminación al estar dentro de la cavidad nasal.
       • Extracción de ADN
         • Muestra triturada en polvo y almacenada para su extracción y amplificación
         • Tampón de digestión ósea
           • Consistió en
             • Ditiotreitol 10 mM
             • Ácido etilendiaminotetraacético 0,48 M
             • Polvo de proteinasa K 1 mg / ml
             • Tris 20 mM pH 8.0
             • 1% Triton X-100
           • Se añadió un total de 1.500 µl de tampón de digestión ósea al polvo de hueso y se incubó durante la noche a 55ºC con rotación
             • Se centrifugó a 13.000xg durante 1 minuto
               • Se realiza con el fin de granular el material no digerido.
           • Análisis de ADN
             • Análisis filogenético
               • Visualización mediante FIGTREE
               • Verificación mediante TRACER
               • Mediante el programa filogénetico BEAST
             • Mediante conjunto de ceebadores diseñados que se dirigen al gen del citocromo b para Bettongia
               • Conjuntos de cebadores woylie_cytb_139F ACCTTCCAACATTTGAGCCTGATG y woylie_cytb_388R TGAGCCGTAGTAGATTCCTC se usaron para dirigir una región de ~ 200 pares de bases de ADN del citocromo b.
               • Se completó un volumen de 25L para cada qPCR
                 • Reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR). Contiene 12,5 l ABI Potencia SYBR mezcla maestra (Applied Biosystems, Waltham, Massachusetts), 0,4? M de cebador directo y reverso, 8,5 M H 2 O, y 2 µl de extracto de ADN
                 • El ADN de calidad se preparó para una secuenciación de Sanger
                   • Se crearon múltiples conjunto de datos de secuencia.