Bioinformatik - Datenbanken

Bioinformatik - Datenbanken

1. PDB (Proteindatenbank)

   • Proteinsequenzen und exakte 3D-Strukturen

2. Datenbanksuche

   • BLAST
     • E-Value
   • FASTA
     • E-Value
   • SEARCH
   • PHI BLAST
   • MEME
   • PRATT
   • PSI BLAST
     • Positions Spezifisch Iterativ, entsprechende Matrix: PSSM (profil-/positionsspezifische Score Matrix
       • d.h. Matrix wird immer individuell berechnet!
       • Iteratives Suchen = Profil wird immer mehr verbessert, da immer neue (bessere) PSSMs generiert werden

3. PROSITE

   • erstellt Proteinsequenzen mit speziellem Code
   • Proteindomänen, -sequenzen, -motifen, -strukturen

4. PFAM

   • Protein Familien
   • HMM

5. GOLD

   • Genome On Line Database
   • enthält vollständige Genomsequenzen

6. Anderes

   • NCBI
     • National Center for Biotechnology Information
     • verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
   • Ensembl
     • Software, die automatisch Vermerke zum eukaryotischen Genom anlegt (z.B. Marker, SNPs, ...)
   • Computational Genomics
     • Software, die Statistiken über Gene macht (z.B. #Promotoren)
   • SSAP
     • Proteinstruktur per Vektoren, berechnet Vektordifferenzen
     • Score S = 500 / (Vektordifferenz+10)
   • Expasy
     • verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
   • Sekundärstrukturen
     • Chou Fasman
     • GOV
     • Levin
     • Rost und Sander

7. UCSC Genome Browser

   • Genome von Vertebraten sind einsehbar

8. SCOP

   • Klasse -> Faltung -> Superfamilie -> Familie
   • visueller Vergleich

9. CATH

   • Klasse -> Architektur -> Topologie -> Homologe Superfamilie
   • evolutionärer Vergleich

10. FSSP

11. MMDB