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Bioinformatik - Datenbanken

Descrição

Datenbanken beinhalten Informationen über z.B. Proteine, Nukleotidsequenzen etc. Dieses Mindmap bietet einen Überblick über die bekanntesten Datenbanken in der Bioinformatik.
Svenja
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Resumo de Recurso

Bioinformatik - Datenbanken
  1. PDB (Proteindatenbank)
    1. Proteinsequenzen und exakte 3D-Strukturen
    2. Datenbanksuche
      1. BLAST
        1. E-Value
        2. FASTA
          1. E-Value
          2. SEARCH
            1. PHI BLAST
              1. MEME
                1. PRATT
                  1. PSI BLAST
                    1. Positions Spezifisch Iterativ, entsprechende Matrix: PSSM (profil-/positionsspezifische Score Matrix
                      1. d.h. Matrix wird immer individuell berechnet!
                        1. Iteratives Suchen = Profil wird immer mehr verbessert, da immer neue (bessere) PSSMs generiert werden
                    2. PROSITE
                      1. erstellt Proteinsequenzen mit speziellem Code
                        1. Proteindomänen, -sequenzen, -motifen, -strukturen
                        2. PFAM
                          1. Protein Familien
                            1. HMM
                            2. GOLD
                              1. Genome On Line Database
                                1. enthält vollständige Genomsequenzen
                                2. Anderes
                                  1. NCBI

                                    Anotações:

                                    • National Center for Biotechnology Information
                                    1. verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
                                    2. Ensembl
                                      1. Software, die automatisch Vermerke zum eukaryotischen Genom anlegt (z.B. Marker, SNPs, ...)
                                      2. Computational Genomics
                                        1. Software, die Statistiken über Gene macht (z.B. #Promotoren)
                                        2. SSAP
                                          1. Proteinstruktur per Vektoren, berechnet Vektordifferenzen
                                            1. Score S = 500 / (Vektordifferenz+10)
                                            2. Expasy
                                              1. verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
                                              2. Sekundärstrukturen
                                                1. Chou Fasman
                                                  1. GOV
                                                    1. Levin
                                                      1. Rost und Sander
                                                    2. UCSC Genome Browser
                                                      1. Genome von Vertebraten sind einsehbar
                                                      2. SCOP
                                                        1. Klasse -> Faltung -> Superfamilie -> Familie
                                                          1. visueller Vergleich
                                                          2. CATH
                                                            1. Klasse -> Architektur -> Topologie -> Homologe Superfamilie
                                                              1. evolutionärer Vergleich
                                                              2. FSSP
                                                                1. MMDB

                                                                  Quer criar seus próprios Mapas Mentais gratuitos com a GoConqr? Saiba mais.

                                                                  Semelhante

                                                                  Sequenzmotife, Genomanalyse und Proteinfaltungsproblem
                                                                  Svenja
                                                                  Herz-, Kreislauf- und Blutphysiologie
                                                                  Svenja
                                                                  Bioinformatik - Zusammenfassung
                                                                  Svenja
                                                                  Haut und Thermoregulation
                                                                  Svenja
                                                                  Bioinformatik - Vorwissen
                                                                  Svenja
                                                                  Atmung
                                                                  Svenja
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