Alinhamento de sequências

Alinhamento de sequências

1. Comparação de caracteres

   • Mesma Ordem sequencial
     • Identidade
       • Porcentagem

2. Filogenética

3. Análise evolutiva

4. Análise genômica

5. Simples

   • 2 sequências
   • Local e global
     • Matriz de pontos
       • Deleções, inserções e repetições
     • Método de palavra (K-Tuple)
       • Sequências de 2 a 6 caracteres
     • Programação dinâmica
       • Pontuação de similaridades

6. Múltiplos

   • 3 ou mais sequências
   • Local
     • Pequenas regiões
     • Análise de blocos
       • Regiões de maior similaridade
     • Análise de motivos
       • Padrões de substituição
         • SwissProt
     • Análise de perfis
       • Regiões altamente conservadas
   • Global
     • Toda a sequência
     • Alinhamento progressivo
       • Relação evolutiva
         • CLUSTALW e CLUSTALX
     • Métodos interativos de refinamento
       • Realinhamentos constantes
         • MUSCLE
     • Algoritmos genéticos
       • Seleção e recombinação
         • SAGA
     • Modelos ocultos de Markov
       • Probabilidades estatísticas
     • Pontuação baseada em consistência
       • Par a par
         • T-COFFEE

7. BLAST

   • Alinhamento local
   • blastn
     • Nucleotídeos
   • blastp
     • Proteínas
   • blastpgp
     • Especificidade de posição
   • blastx
     • Tradução de nucleotídeos em proteínas
   • tblastx
     • Tradução de nucleotídeos em nucleotídeos
   • tblastn
     • Tradução de proteína em nucleotídeos
   • megablast
     • Grande número de sequências

8. Estrutura e funcionamento de proteínas