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Seu ciclo evolutivo é monoxênico, ou seja, a Entamoeba histolytica completa seu ciclo em apenas um hospedeiro, e o modo de infecção é fecal-oral, ou seja, o homem se infecta ao ingerir cistos presentes na água ou nos alimentos contaminados. O desencistamento ocorre na porção final do intestino delgado, desprendendo os trofozoítos que passam a viver como comensais e a reproduzir-se por divisão binária. Através de mecanismos ainda desconhecidos, mas possivelmente relacionados com a ruptura do equilíbrio intestinal (baixa de imunidade local, alteração da flora intestinal, lesões de mucosa, etc.), os trofozoítos tornam-se patogênicos e invadem a parede intestinal, alimentando-se de células da mucosa e de hemácias.

Em casos de infecção crônica podem invadir outros órgãos através da circulação sanguínea, especialmente ao fígado.

Os trofozoítos que permanecem no intestino sob a forma comensal reduzem o seu metabolismo, armazenam reservas energéticas e secretam uma parede cística ao seu redor, formando os cistos, que são eliminados através das fezes. Dentro do cisto o parasito realiza divisão binária formando quatro novos indivíduos que desencistam quando chegam ao intestino de um novo hospedeiro.

Os cistos podem permanecer viáveis fora do hospedeiro por cerca de 20 dias caso as condições de temperatura e umidade sejam adequadas, logo eles são as formas de resistência do parasito no meio ambiente. Os trofizoítos entretanto, são lábeis no ambiente. De acordo com sua morfologia, apresentam 4 fases: trofozoíto (ou forma vegetativa), cisto (ou forma de resistência), pré-cisto (forma entre trofozoíto e cisto) e metacisto (forma que dá origem ao trofozoíto).