CUADRO NATA

TAXONOMIA MODERNA PARA LA DIVERSIDAD MICROBIANA

ASPECTOS A TENER EN CUENTA PARA EVALUAR LA TAXONOMIA Y LA DIVERSIDAD MICROBIANAS

BIOGEOGRAFÍA DE LA DIVERSIDAD MICROBIANA

CARACTERISTICAS

- Varia dentro de los habitats como entre los habitats

- Complejidad ambiental debido al tamaño pequeño

- Heterogeneidad especial (formación de muchos nichos)

La metagenómica ha ayudado a estos estudios

¿CÓMO SE MIDE?

DIVERSIDAD ALFA

DIVERSIDAD BETA

DIVERSIDAD GAMMA

Se mide la diversidad dentro de una ubicación particular y en una comunidad

Mide la composición de una comunidad entre dos o más ubicaciones

Se mide la diversidad en una región, a través de continentes o biomas

FILOGENIA MICROBIANA

TODO SE DERIVA DE UN ANCESTRO COMÚN

DE ESTE SE DERIVARON TRES GRUPOS

- Arqueas

- Bacteria

- Eucariotas

Estos grupos comparten genes que pueden haber surgido del ancestro común y otros que hacen que se diferencien entre estos tres grupos

EVOLUCIÓN MICROBIANA

DIFICULTADES

CLASIFICACIÓN

- Es dificil clasificarlos debido al tamaño

- Falta de indicadores particulares que puedan servir como marcadores

- tranferencia horizontal de genes (HGT) entre organismos lejanamente relacionados, complican los perfiles filo geneticos

Se reconocen tres dominios

CRITERIO MÁS IMPORTANTE

La molecula que se utilice debe estar presente en todos los miembros del grupo objetivo y ser funcionalmente homologo en los organismos

CLASIFICACIÓN

PROCARIOTAS: BACTERIAS Y ARQUEAS

MICROBIOS EUCARIOTAS: FUNGi

INDEFINIDO:VIRUS

Las arqueas se consideran las mas primitivas y evitan habitats extremos a diferencia de las bacterias

COMO SE DEFINE UNA ESPECIE

Para definir una especie se utilizan propiedades fenotipicas y genotipicas

Se rige por el código Bacteriológico

PARA ESTO SE UTILIZA

LA TAXONOMIA POLIFÁSICA

Para clasificar un nuevo taxón es esecial describir la información fenotí´pica, genotípica y flogenetica

TECNICAS FENOTÍPICAS

TECNICAS GENOTÍPICAS

CLASICO

TAXONOMÍA NUMÉRICA

COMPOSICIÓN DE LA PARED CELULAR

ANÁLISIS DE ÁCIDOS GRASOS

OTROS METODOS DE DIAGNÓSTICO

QUINONAS ISOPRENOIDES

- Análisis de proteínas de células completas

-Las poliaminas son útiles para distinguir por encima del nivel de género y también a nivel de especie

- Los citocromos no se utilizan solos en la identificación, ya que existen tipos limitados de citocromos distintos

ESPECTROSCOPIA AVANZADA Y MÉTODOS ESPECTROMÉTRICOS

ANÁLISIS BASADOSES rDNA 16S

CONTENIDO DE BASE DE ADN

HIBRIDACIÓN ADN-ADN

OTROS METODOS GENOTIPICOS

- Métodos de genotipado como polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP)

- ADN polimórfico amplificado aleatoriamente (RAPD)

- Polimorfismo de longitud de fragmento amplificado (AFLP)

- Análisis de restricción de ADN ribosómico amplificado (ARDRA)

- Reacción en cadena de polimerasa de elemento repetitivo (REP-PCR)

- Ribotipado y los análisis de secuencias de múltiples locus (MLSA)

- La ribotipificación

- La identidad de nucleótidos promedio (ANI)

- Dos forman parte de bacterias y arqueas (procariotas)

- El tercer dominio es de eucariotas

CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA

SEGÚN

-Su apariencia

-La estructura que aparece sobre el suelo.

DEFINICIÓN DE ESPECIE

-Es difícil dado que el apareamiento sexual no está en ocurre en todos los hongos

-La meiosis solo ocurre en los hongos sexuales

-Es posible que el producto de la fusión puede ser estéril o fértil

CONCEPTO BIOLÓGICO DE ESPECIE

CONCEPTO FILOGENÉTICO DE ESPECIE

Aplica para hongos sexuales

Aplica para hongos asexuales

FILOGÉNIA FÚNGICA

Se ha clasificado usando morfología (que involucra principalmente el cuerpo fructífero), composición de la pared celular, ultraestructura celular, citología y metabolismo e incluso basándose en el estudio de fósiles

Los virus no se consideran procariotas ni eucariotas, pero tienen implicaciones desde el punto de vista de la salud; por tanto, la caracterización de virus ha aumentado considerablemente.

MICROORGANISMOS NO CULTIVADOS

FENOTIPO

GENOTIPO

Por análisis de restricción de la región del espaciador transcrito interno (ITS), el ADNr 18S y el RFLP. También los ADNr 5S, 5.8S, 18S y 25S

Dado que el 99% de la población microbiana se considera no cultivable, la metagenómica adquiere importancia para la identificación de estos.

METAGENÓMICA CLÁSICA

METAGENÓMICA FUNCIONAL

Analiza muestras extrayendo ADN ambiental seguido de secuenciación de novo o amplificación de rDNA 16S / 18S utilizando cebadores específicos

Se centra en la amplificación de genes de interés (generalmente antibióticos, enzimas, etc.) y su clonación en un objetivo seleccionado microorganismos para producir el metabolito de interés.

DEIFINICIÓN DE "ESPECIE"

Una especie de virus es una clase politética de virus que constituye un linaje que se replica y ocupa un nicho ecológico particular