Alinhamentos de Sequências

Alinhamentos de Sequências

1. Qualidade

   • Score
     • Punições
       • Gaps e substituições/ n correspond.
     • premiações
       • identidades/correspond.
   • E- value
     • Signifi. estatist.
       • (- ) E-value (+) score
       • tamanho da sequencia/acaso
       • E < 10 -100 ( mto bxo, relacão) E < 10-3 (moder) . 0,5 < E < 1 (Twilight zone) E> 1 (alto, S relação)
         • E<10-100 genes homólogos ou idênticos

2. Sequenciamento biológico

   • Projeto Genoma Humano
     • análises
       • Objetivo: sequencias similares
       • Identidade
         • resíduo e posição iguais
       • Similaridade
         • AMN semelhantes quimicamente
           • indica Arranjo tridimensional/função ptn
       • Homologia
         • Mesmo ancestral em comum
           • indica relação evolutiva
       • Genes ortólogos X Genes parálogos
         • Mesma função + espécies diferentes
         • Ancestral comum + espécies iguais + função diferente
       • Gaps: alteração na sequencia
         • ex: AMN faltando/ à mais
     • técnicas

3. Comparação de sequencias de diferentes/iguais genomas

   • Diferentes= Ex: Fármacos seletivos
   • Iguais= Ex: susceptibilidade Aprenda a pronunciar à doenças

4. Medicina Personalizada

   • Ex: relações de parentesco em doenças
     • Aumento da eficiencia de tratamento

5. Métodos

   • Simples/ para-par (2)
     • Global
       • semelhança esperada
         • Algoritmo Needleman-Wunsh
           • comparação dinâmica
     • algrt. program. dinâmica
     • anál. matriz de pontos (dot matrix)
     • K-tuple
   • Múltiplo/ múlt. sequên. (3+)
     • Local X
       • Banco de dados/ icógnita
         • Algoritmo Smith-Waterman (PD)
           • Pontuação de similaridade
           • Pnt comuns, diferentes da sequen.
         • K-tuples
           • + Rápido que PD, pontuação
           • similaridade para 1 sequen. e mtos dados
           • programa Blast
             • busca similaridade estatíst. signif.
             • - BLASTN DNA/DNA(espf.) - BLASTP PTN/PTN(espf.) - BLASTX PTN/DNA( prod. tradu. 6 leit.) - TBLASTN (prod. tradu. 6 leit.)DNA/PTN - TBLASTX DNA( prod. tradu. 6 leit.)/DNA( prod. tradu. 6 leit. B.D)
             • BlastP
               • etapas heurísticas
                 • seeding= começo
                 • extension
                 • evaluation= relevancia
             • Psi-Blast
               • estatísticamente signif. (E-value)
                 • ptn correlação ruim/regiões boas
             • Phi-Blast
               • padrão de entrada/similaridade signf.
     • algort. progr. dinâmica
     • alinhamento global progressivo
       • Clustal Omega
     • pontuação baseada em consistência
       • Tcoffee
     • método iterativos de refinamento
     • modelo ocultos de Markov

6. O melhor fluxo

   • Conhecer a família das ptn
     • verif. regiões conservadas/ n conservadas
       • teste de programas