ENCODE

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pesquisar: pub med

genome browser, genome bioinformatics

é bem mais eficiente salvar a informação dos cromossomos como RLE quando eles são ordenados por cromossomo porque se forem ordenados por cromossomo, as primeiras linhas serão todas cromossomo 1 e o RLE salva essa informação eficientemente.

então, o cromossomo não é salvo como character e sim como RLE.

também é conveniente pois o RLE te diz o numero de vezes que um cromossomo aparece.

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IRanges

é uma biblioteca para representar ranges de integers que são uteis na genomica porque nós temos pares de base ranges que nós gostariamos de manipular. Então, tem um estudo de caso muito detalhado que você pode acessar usando " browsVignettes function".

O IRamges tem um começo e um fim e um width. Se você especificar dois numeros, você especifica o começo e o fim. O width representa representa os pares de base.

o começo, meio e fim são os argumentos e se você especifica um e não especifica outro por exemplo, então o sistema deduz e coloca pra você.

Você tambem pode usar start() end() e width() como funções para perguntar ao sistema quais são os seus valores.

Há o intra range que significa que a operação vai ocorrer para cada range que você tem e isso não depende de outros ranges que estão contidos no objeto IRanges.

Já os inter ranges dependem de outros ranges dentro do objeto.

há a função shift() que produz um IRange. Exemplo: o seu começo era 5 e o final era 10. Na opção Shift, você colocou como um segundo argumento, o -2. Isso signifca que ele vai tirar 2 do valor final.

narrow(): faz a mesma coisa que o shift() porem é relativo ao inicio.

flank(): te permite ter uma sequencia flanking de tres pares de base, seja do inicio ou do fim. Você também pode usar TRUE ou FALSE p que vai dizer que deve ter pares de base pra cada um ou somente para um.

range(): vai te dar o começo do IRanges até o fim, incluindo gaps no meio.

reduce(): vai nos dar os pares de base que são "cobertos" pelos ranges originais.

gaps() no dá os gaps

disjoint(): dá um set de ranges o qual tem a mesma cobertura que nos IRanges originais. Mas eles não se sobrepoe de qualquer forma e eles contem a uniãode todos os pontosfinais do range original.