Array comparative genomic hybridization and it´s applications in cancer

Yuya Ruiz
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Genomica
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Array comparative genomic hybridization and it´s applications in cancer
1 La alteración en el número de copias de ADN es una de las muchas maneras en que la expresión génica y la función pueden ser modificados.
1.1 Muchos defectos se deben a las pérdidas y ganancias de los cromosomas y los cambios de ADN de dosificación de alteración que ocurren en las células somáticas son colaboradores frecuentes de cáncer
1.2 Los tumores se desarrollan a través de los procesos combinados de inestabilidad genética y selección
2 Array comparative genomic hybridization ha demostrado su valor para el análisis de ADN variaciones del número de copias
2.1 La intensidad de hibridación relativa de las señales de prueba y de referencia en un lugar determinado es proporcional al número de copias relativo de esas secuencias en los genomas de ensayo y de referencia.
2.1.1 Estas técnicas incluyen: PCR mediada por ligación, cebador de PCR degenerado y amplificación
3 Los diferentes enfoques básicos para CGH array proporcionan diferentes niveles de rendimiento, de tal manera que algunos son más adecuados para determinadas aplicaciones que otros.
3.1 Factores que determinan los requisitos de rendimiento: magnitudes de los cambios del número de copias , sus extensiones genómicas, el estado y la composición de la muestra , la cantidad de material disponible para el análisis y cómo se utilizará los resultados del análisis
3.2 Problemas relacionados con el rendimiento CGH array: preparación física , genómica y la muestra bio , y concluyen con una discusión general de aplicaciones para el cáncer
3.3 El desafío técnico importante de CGH array es la generación de señales de hibridación que sea intensa , específica y cuantitativa que el número de copias cambios pueden ser detectados
3.3.1 La variabilidad de la producción entre los diferentes matrices, tales como la cantidad de ADN en los elementos de matriz o elemento de la morfología, se compensa con precisión
3.3.2 Exactitud se mantiene incluso si las intensidades se convierten no linealmente relacionadas con condiciones de hibridación para evitar la reducción de la calidad de los datos
3.3.3 Las complejidades de tanto el ADN genómico y el ADN en el elemento de la matriz afectará a las intensidades de señal
4 Las señales más intensas a partir de la matriz de mayor complejidad resultan en una mejor precisión de medición, que permite la detección de los límites de transición de una sola copia
4.1 Pueden potencialmente proporcionar una mayor resolución genómica si la solicitud se enfoca en la detección de aberraciones multicopia como amplificaciones de genes.
4.2 VENTAJAS
4.2.1 diseñar arrays directamente de la secuencia del genoma, capacidad de usar las mismas matrices para la expresión y el análisis genómico y la posibilidad de una resolución más alta genómico, conducir los esfuerzos para mejorar el rendimiento de matrices con baja complejidad elementos.
4.2.2 Reducir la complejidad del ADN genómico para aumentar la intensidad de la señal y permitir el uso de baja complejidad array
4.2.3 Las supresiones de todas las copias de una región genómica son fácilmente detectables en las líneas celulares de CGH array
4.3 El rendimiento de células normales en muestras de tumor se puede estimar mediante el establecimiento primero su comportamiento con un espécimen homogéneas bien caracterizados. Los cambios de relación se pueden obtener utilizando la curva de respuesta medida en relación con los valores del número de copias normalizado apropiadas para las aberraciones esperados en los especímenes
5 APLICACIONES EN ONCOLOGÍA
5.1 Análisis de expresión , inmunohistoquímica , FISH , secuenciación del ADN , microarrays de tejidos y los estudios funcionales en cultivo de tejidos y modelos animales
5.1.1 Asociación de ADN aberraciones número de copias con el pronóstico se ha encontrado para una variedad de tipos de tumores
5.1.2 Medición de la expresión génica a nivel de ARN o proteína
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