Flashcards
bioconductor
Flashcards do conjunto (20)
- 1instalando um packagediferentemente dos pacotes normais do R, o biocnductor é mais dificil e exige esse modo de instalação:
BiocManager::install() - 2genefugenefu , um pacote Bioconductor que fornece informações e funções relevantes para a análise de expressão gênica, com ênfase particular no câncer de mama.
- 3read.csv()dtt
- 4read.table()etw
- 5dimensão do data.frameo data frame é retangular pois possui duas dimensoes: linhas e colunas
- 6dim(nomedodata.frame)mostra exatamente quantas linhas e colunas nos estamos trabalhando
- 7nrow(nomedodata.frame)para ver o numero de linhas somente
- 8ncol(nomedodata.frame)para ver o numero de colunas somente
- 9object.size(nomedodata.frame)para ver quanto de espaço o dataset está ocupando na memoria
- 10função head()a função head costuma mostrar as 6 primeiras linhas mas isso pode ser alterado colocando um numero como um dos argumentos
- 11tail()mostra as ultimas linhas do data frame e também pode ser alterada como a função head
- 12summary()mostra muitos detalhes sobre as colunas do data.frame
- 13table(nome do data frame$nome da coluna)te mostra em numeros a quantidade das coisas nas colunas
- 14criar um grafico QQqq normal: qqnorm(dataframe$variavel)
qq plot: utiliza de dois argumentos e cria qualquer distribuição. São necessarios 2 conjuntos de dados. ex: qqplot (randu $ x, y) - 15snppolimorfismo de nucleotideo unico uma base única no genoma que frequentemente difere entre indivíduos e pode causar diferenças fenotípicas
- 16grep() functionadf
- 17values()functionacessa as colunas que contem valores
- 18extrair os cromossomos contidos em cada linha:seqnames()
- 19se eu quiser saber o conteudo dentro de um cromossomo:data[nome do vetor=="cromossomo",]
- 20funções do IRanges:todas as funções estão nas notas do ENCODE
Informações
- Descrição
- FlashCards sobre bioconductor, criado por letticia mallory em 07-07-2020.
- Criado por
- letticia mallory
- Visualizações
- 4
- Avaliação