Alinhamento de sequências

Alinhamento de sequências

1. Funções

   • Identificação de similaridades no DNA
     • Suceptibilidade à patologias
     • Resistência a farmácos por microonganismos

2. Conceitos importântes

   • Similaridade
   • Identidade
   • Homologia
   • Genes ortólogos
   • Genes parálogos
   • Gaps

3. Método de alinhamento Simples

   • Tipo de alinhamento
     • Local
       • BLASTP
     • Global
       • BLAST
   • Logaritmos
     • Programação dinâmia (PD)
     • K-Tuples ou método de palavras
     • Dot matrix

4. Qualidade do alinhamento

   • Score
     • E-Value
       • Muito Baixo (10^-100)
         • Genes idênticos ou homólogos
       • Moderado (10^-3)
         • Genes podem estar relacionados
       • Entre 0,5 e 1
         • Não há garantia se há homologia
       • Maior ou igual a 1
         • Genes sem correlação

5. Método de alinhamento Multiplo

   • Tipo de alinhamento
     • Local
       • TCOFFEE
     • Global
       • Clustal Omega
       • TCOFFEE
   • Logaritmos
     • Programação dinânica
     • Modelos ocultos de Markov
     • Alinhamento progressivo
     • Pontuação baseada em consistência
     • Métodos interativos de refinamento