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Entre sus características principales, permite organizar la información de forma esquemática y exponerla con libertad, sin seguir la secuencia de diapositivas. Se puede navegar por la presentación (un frame en 2.5D) desde la vista general, ampliándola o reduciéndola gracias a su interfaz gráfica con zoom.4​5​ En función de la narrativa pueden implementarse efectos visuales, videos o cualquier otro contenido.5​ Cualquiera de las versiones de Prezi dispone de plantillas que permiten al usuario ahorrar tiempo a la hora de desarrollar la presentación, incluyendo un tutorial de uso.

Algunos usuarios han criticado que la interfaz de zoom de Prezi puede producir una estimulación visual excesiva.5​ Para solucionar ese inconveniente, la empresa ofrece manuales con recomendaciones de uso.4​