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resumão modulo2

letticia mallory Portugués 1 página

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a função values extrai valores como: name, score, col, signalvalue, pvalue, qvalue, peak

a função seqnames extrai os cromossomos de cada linha. se você usar a função as.character nele, então ele te dará o nome de todos os cromossomos que tem naquele lugar.

a classe de um cormossomo é Rle.

você pode usar a função table em um cromossomo especifico para obter informações sobre ele. table(chr21) essa funçao na verdade conta a quantidade de cromossomos que tem.

para informações mais especificas ainda do cromossomo, basta usar HepG2[chr=="chr21"] mas antes, voce define chr como seqnames de HepG2

a função shift redefine o start o end e o width sendo o segundo argumento o argumento do quanto você quer tirar ou acrescentar nesses 3. o primeiro é o data.

a função flank vai te dar informações sobre um grupo de pares de base.

quando você usa a função range, ele te da toda a area, do start ao end incluindo o gaps.

se você pedir a função reduce, vai te dar os pares de base sem o gap.

a função disjoin te dá os ranges do orignial IRanges mas das partes que não fazem overlap de forma alguma.

seqlengths te dá o numero de pares de base de cromossomo.

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Apunte sobre resumão modulo2 , creado por letticia mallory el 25/07/2020.
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