Notes
resumão modulo2
Content of the notes (1)
Page 1
a função values extrai valores como: name, score, col, signalvalue, pvalue, qvalue, peak
a função seqnames extrai os cromossomos de cada linha. se você usar a função as.character nele, então ele te dará o nome de todos os cromossomos que tem naquele lugar.
a classe de um cormossomo é Rle.
você pode usar a função table em um cromossomo especifico para obter informações sobre ele. table(chr21) essa funçao na verdade conta a quantidade de cromossomos que tem.
para informações mais especificas ainda do cromossomo, basta usar HepG2[chr=="chr21"] mas antes, voce define chr como seqnames de HepG2
a função shift redefine o start o end e o width sendo o segundo argumento o argumento do quanto você quer tirar ou acrescentar nesses 3. o primeiro é o data.
a função flank vai te dar informações sobre um grupo de pares de base.
quando você usa a função range, ele te da toda a area, do start ao end incluindo o gaps.
se você pedir a função reduce, vai te dar os pares de base sem o gap.
a função disjoin te dá os ranges do orignial IRanges mas das partes que não fazem overlap de forma alguma.
seqlengths te dá o numero de pares de base de cromossomo.
Information
- Description
- Note on resumão modulo2 , created by letticia mallory on 25/07/2020.
- Created by
- letticia mallory
- Views
- 0
- Rating