Flashcards
CAPITULO 18 M É T O D O S D E E S T U D I O E N E C O L O G Í A M I C R O B I A N A
Cards in this deck (37)
- 1Describa la estrategia de enriquecimiento subyacente al aislamiento de Azotobacter por parte de Beijerinck. ? ¿Por qué se añade sulfato (SO4 2−) a una columna de Winogradsky? ? ¿Qué es el sesgo de enriquecimiento? ¿De qué manera la dilución reduce el sesgo de enriquecimiento?V
- 2¿En qué se diferencia el método de dilución con agar de la siembra por estrías para obtener colonias aisladas?C
- 3¿Cómo podemos aislar una bacteria con una morfología exclusiva que está presente en un cultivo de enriquecimiento en cantidad relativamente baja?V
- 4Qué se entiende por «alto rendimiento» en el cultivo de microorganismos? ¿Cómo ha beneficiado esto a la microbiología?V
- 5¿En qué se diferencia la tinción de viables de colorantes como el DAPI? ? ¿Qué es un gen reportero? ? ¿Por qué es incorrecto afirmar que la GFP es un método de «tinción»?V
- 6? ¿Qué estructura celular es la diana de las sondas fluorescentes en la FISH filogenética? ? La FISH y la CARD-FISH se pueden usar para revelar diversos datos sobre las células en la naturaleza. Explique de qué datos se trata.V
- 7¿Qué se puede concluir de un análisis por PCR/DGGE de una muestra que produce una banda por PCR y una banda por DGGE? ¿Y si produce una banda por PCR y cuatro bandas por DGGE? ? ¿Qué resultado sorprendente se desprende de muchos estudios moleculares de hábitats naturales usando el rRNA 16S como gen diana?V
- 8¿Qué es un filochip y qué información puede ofrecernos? ? ¿Cuáles son las ventajas y desventajas de la tecnología de micromatrices respecto de la secuenciación de los productos de la PCR? ? ¿Por qué, en general, los análisis de T-RFLP no capturan completamente la diversidad de los filotipos en una muestra ambiental?V
- 9¿Qué es un metagenoma? ? ¿En qué se diferencian los métodos genómicos ambientales de los análisis ambientales de genes individuales, como los basados en análisis de genes de rRNA 16S para la caracterización de las comunidades microbianas? ? ¿Cómo se puede identificar las poblaciones celulares más activas metabólicamente usando métodos de genómica ambiental?V
- 10¿Por qué los radioisótopos son tan útiles para medir la actividad microbiana? ? Si de pronto penetrara una gran cantidad de materia orgánica en los sedimentos, ¿cómo cambiaría esto los perfiles de nitrato y oxígeno en la Figura 18.23?V
- 11¿Cómo puede la composición 13C/12C de una sustancia revelar su origen biológico o geológico? ? ¿Cuál es la explicación más sencilla de que los sulfuros lunares sean isotópicamente similares a los de la Tierra primordial? ? ¿Qué composición isotópica de carbono se espera que tengan los metanótrofos (bacterias que consumen metano)?V
- 12¿Cómo se puede usar el NanoSIMS para identificar una bacteria fijadora de nitrógeno? ? ¿Cuáles son las ventajas y desventajas de la citometría de flujo respecto de la microscopía para caracterizar una comunidad microbiana? ? Cómo relaciona la MAR-FISH la diversidad microbiana y la actividad?V
- 13¿Cómo se puede identificar un organismo que lleva a cabo un proceso concreto mediante el sondeo con isótopos estables? ? ¿Qué método fundamental es necesario para aplicar la genómica en células individuales? ? Si una bacteria fijadora de nitrógeno crece en presencia de 15N2, ¿su DNA será más pesado o más ligero que el de una bacteria que no fije nitrógeno?V
- 14Citometría de flujo:técnica para contar
y examinar partículas microscópicas
suspendiéndolas en una corriente
de fluido y haciéndolas pasar por un
dispositivo de detección electrónico - 15Columna de Winogradsky:columna de
vidrio compactada con lodo y cubierta
con agua para imitar un medio acuático
en el que se desarrollan diversas
bacterias durante unos meses. - 16Cultivo de enriquecimiento:método de
cultivo altamente selectivo para obtener
microorganismos a partir de muestras
naturales. - 17DAPI:colorante fluorescente inespecífico
que tiñe el DNA de las células
microbianas; se usa para obtener el
número total de células en una muestra
natural. - 18Ecología microbiana:estudio de la
interacción de los microorganismos
entre sí y con el entorno. - 19Electroforesis de gel en gradiente desnaturalizante (CGGE):técnica
electroforética que separa fragmentos de
ácidos nucleicos del mismo tamaño en
función de su secuencia nucleotídica - 20Filotipo:uno o más organismos con
la misma secuencia o secuencias
relacionadas de un gen marcador
filogenético. - 21Fraccionamiento isotópico:discriminación por parte de las
enzimas en contra de los más pesados
de entre todos los isótopos del
carbono o el azufre, y que conlleva el
enriquecimiento de los isótopos más
ligeros. - 22Genómica ambiental (metagenómica):uso de los métodos de la genómica
(secuenciación y análisis de genomas)
para caracterizar comunidades
microbianas naturales. - 23Hibridación fluorescente in situ (FISH):método que emplea un colorante
fluorescente unido covalentemente a
una sonda específica de ácido nucleico
para identificar o rastrear organismos en
el ambiente. - 24MAR-FISH:técnica que combina la
identificación de los microorganismos
con la medición de la actividad
metabólica. - 25Metaproteómica:medición de la
expresión de proteínas de toda una
comunidad usando la espectrometríA
de masas para asignar péptidos a las
secuencias de aminoácidos codificadas
por genes concretos. - 26Metatranscriptómica:medición de
la expresión génica de toda una
comunidad usando la secuenciación de
RNA. - 27Microautorradiograf ía (MAR)medición
de la captación de sustratos radiactivos
mediante la observación visual de las
células en una emulsión fotográfica
expuesta - 28Microsensor:pequeño sensor o electrodo
de vidrio para medir el pH o compuestos
específicos como oxígeno, sulfuro de
hidrógeno o nitrato introduciéndolo en
un hábitat microbiano a intervalos en
una escala micrométrica. - 29Naranja de acridina:colorante
fluorescente inespecífico que se usa para
teñir el DNA de las células microbianas
en una muestra natural. - 30Nicho efectivo:variedad de entornos
naturales que sustentan una especie
cuando el organismo se enfrenta a
factores como el límite de los recursos,
la depredación y la competencia con
otras especies. - 31Nicho fundamental:variedad de
ambientes en los que una especie puede
subsistir cuando no tiene los recursos
limitados, como puede resultar de la
competencia con otras especies. - 32Pinzas de láser:dispositivo para obtener
cultivos axénicos atrapando ópticamente
una célula individual con un haz de láser
y separándola de las células circundantes
hacia un medio de crecimiento estéril. - 33Proteína fluorescente:cualquiera de un
gran grupo de proteínas que emiten
fluorescencia de diferentes colores,
incluida la proteína fluorescente verde,
para rastrear organismos modificados
genéticamente y determinar las
condiciones que inducen la expresión de
genes específicos. - 34Sesgo de enriquecimiento:problema
de los cultivos de enriquecimiento
en el que las especies no deseables
tienden a dominar el enriquecimiento,
a menudo con la consiguiente exclusión
de los organismos más abundantes
o ecológicamente significativos del
inóculo. - 35Sonda de ácido nucleico:oligonucleótido,
normalmente de entre diez y veinte
pares de bases de longitud de secuencia
complementaria con la secuencia de
un ácido nucleico en un gen o un RNA
diana. - 36Sondeo con isótopos estables (SIP):método de caracterización de un
organismo que incorpora un sustrato
concreto que consiste en suministrarle
el sustrato marcado con 13C o 15N y
aislar el DNA enriquecido con el isótopo
pesado para analizar los genes - 37Técnica del número más probable (NMP):dilución en serie de una
muestra natural para determinar
la mayor dilución que permite el
crecimiento.