Perdida gran parte de esta obra, entre los escritos en prosa que se han conservado cabe señalar la Respuesta a Sor Filotea de la Cruz. El obispo de Puebla, Manuel Fernández de la Cruz, había publicado en 1690 una obra de Sor Juana Inés, la Carta athenagórica, en la que la religiosa hacía una dura crítica al «sermón del Mandato» del jesuita portugués António Vieira sobre las «finezas de Cristo». Pero el obispo había añadido a la obra una «Carta de Sor Filotea de la Cruz», es decir, un texto escrito por él mismo bajo ese pseudónimo en el que, aun reconociendo el talento de Sor Juana Inés, le recomendaba que se dedicara a la vida monástica, más acorde con su condición de monja y mujer, antes que a la reflexión teológica, ejercicio reservado a los hombres.
En la Respuesta a Sor Filotea de la Cruz (es decir, al obispo de Puebla), Sor Juana Inés de la Cruz da cuenta de su vida y reivindica el derecho de las mujeres al aprendizaje, pues el conocimiento «no sólo les es lícito, sino muy provechoso». La Respuesta es además una bella muestra de su prosa y contiene abundantes datos biográficos, a través de los cuales podemos concretar muchos rasgos psicológicos de la ilustre religiosa. Pero, a pesar de la contundencia de su réplica, la crítica del obispo de Puebla la afectó profundamente; tanto que, poco después, Sor Juana Inés de la Cruz vendió su biblioteca y todo cuanto poseía, destinó lo obtenido a beneficencia y se consagró por completo a la vida religiosa.
