Flashcards
Hankeln 3
Cards in this deck (10)
- 1Wie können Gene durch Danenbanksuche identifiziert werden?Durch Query und compare!
- 2Was bedeutet Query?uncharakterisierte Sequenzen werden mit allen Sequenzeinträgen der Datenbank verglichen
Match deutet auf wirkliches Gen hin
Dies kann auf Protein (Aminio) oder Gen (Nucleotid) Ebende geschehen - 3Was ist Nt-Substitution und As- AustauschNt- Substitution?
- Eine Base wird durch eine andere ausgetauscht
As- Austausch?
- Eine Aminos. wird durch eine andere ausgetauscht - 4Suche ich auf Protein oder auf DNA Ebene?DNA-> Hohe verwandtschaft, Anhäufen der Mutationen (stille Mutationen) je nach dem wie viel Zeit vergangen ist
Protein-> Ähnlichkeit der Sequenzen selektiert auf Funktion des Proteins
Bleiben lange konserviert - 5Was ist BLAST wofür steht es?Basic Local Alignment Search Tool
Werkzeug zur Suche in Sequenzbanken - 6Wie funktioniert BLAST?Suchsequenz (Query) wird in kleine Schipsel zerteilt, die sich überlappen (Man spricht von überlappenden "words" mit länge w)
Suche nach 2 Hits in der Datenbanksequenz ("subject") mit einer bestimmten Fensterlänge
(ein „word hit“ liegt vor, wenn das ‚word‘ exakt oder in
ähnlicher Form (threshhold-Score >T) erkannt wird)
Danach erfolgt die verknüpfung über Lücken (lokales optimales alignment
verlängert, bis Score S durch mismatches stark abfällt)
Es entsteht ein High-scoring- Segment Pair (HSP) - 7Was erkennt BLAST ebenfalls?erkennt bei Proteinen auch biochemische Ähnlichkeiten!
- 8Wie bewertet BLAST die Signifikanz eines Treffers?mit dem E- Value!
- 9Wie ist der E- Vaue definiert?EXPECTATION VALUE
Der E-Wert gibt die Anzahl von Treffern an, die man aus Zufall
beim Durchsuchen einer Datenbank der verwendeten Größe
erhalten kann.
- ist normalisiert auf Datenbankgröße - 10Was gibt ein niedriger/hoher E-Value an?hoch-> Alignment an zufälligen Events hoch (nicht sehr signifikant)
niedrig-> Alignment sehr ähnlich, nicht vom Zufall abhängig
Information
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- User has deleted their subject information Flashcards on Hankeln 3, created by Deleted user on 21/09/2024.
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- Deleted user · Sep 2024
- Updated
- Sep 21, 2024
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- Created by Alicia L · Sep 21, 2024
- Copied by Alicia L · Sep 21, 2024
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