Flashcards
Bioinformatik KLausur
Cards in this deck (28)
- 1Wie viel ist 1 Angstrom in Meter?1 * 10^-10m
- 2Warum können sich Sequenzen trotz hoher Ähnlichkeiten dennoch in einzelnen Basen unterscheiden?Punktmutation
Sequenzierungsfehler
etc - 3Warum geht die Sängersequenzierung nicht über 1000BP hinaus?limitation der Gelelektrophorese
(Grenzen des Auflösevermmögens)
(Agarose-Gele sind relativ großporig und eignen sich gut zur Trennung von DNA und hochmolekularen Proteinen. - 4Welche zwei Prozesse finden mit der SARS RNA statt, wenn sie in der Wirtszelle angekommen ist?Translation
Replikation - 5Wie geht man vor um die Hypothese zu testen, dass alle Blutgruppen in Europa und Afrika gleich häufig vorkommen?1. Daten sammeln
2. Test?-> Chi-squared
3. Nullhhypothese H0 aufstellen (Man geht davon aus, dass alle Blutgruppen...) - 6Was ist die Atomare Auflösung?Atomare Auflösung -> Wie gut können individuelle Atome in einer Struktur voneinander unterschieden werden
Mit einer Auflösung von 1.2 A oder besser können die Positionen von Atomen mit Gewissheit bestimmt werden. - 7Was sind die zwei Struckturbrechenden Proteine?Glycin und Prolin
- 8In einer Datenbank gibt es 5 Treffer zwischen der mRNA einer Maus und dem Humangenom?-
-
- - 9Nenne Aromatische Proteine?Phenylalanin, Tyrosin und Tryptophan (Benzolring) sowie Histidin (Imidazolring)
- 10Wie groß ist ein Atom, Aminosäure, Protein?Atom-> 0,1 bis 0,5 nm,
AA->0,4 bis 1 nm
Protein->2–100 nm - 11Wenn man bei einer Elektronendichte von 3,5 A statt 5 A misst, kann man dann mehr oder weniger sehen?Mehr sehen bei 3,5 Å statt 5 Å:
Höhere Auflösung (3,5 Å): Du siehst mehr Details, weil du feinere Strukturen erkennen kannst. Bei 3,5 Å kannst du die Atompositionen in Molekülen genauer bestimmen und kleinere Strukturen besser auflösen.
Niedrigere Auflösung (5 Å): Hier sind die Details gröber, und feine Strukturen oder atomare Details sind möglicherweise nicht erkennbar. - 12Welche WW zwischen Asp und Arg?Wasserstoffbrückenbindungen ( zwischen dem Sauerstoff der Amidgruppe von Asparagin und den Amino-Gruppen der Guanidinium-Seitenkette von Arginin )
Elektrostatische WW
(Arginin: Die positiv geladene Guanidiniumgruppe von Arginin kann elektrostatische Wechselwirkungen mit negativ geladenen Atomen eingehen.
Asparagin: Obwohl Asparagin keine formale Ladung in seiner Seitenkette hat, kann es durch die Polarität seiner Amidgruppe elektrostatische Wechselwirkungen mit den positiv geladenen Gruppen von Arginin eingehen.) - 13Was findet sich am 5' UTR Ende?wichtige regulatorische Elemente, die nicht für Proteine codieren, aber die Translation und Stabilität der mRNA beeinflussen.
(Die 5'-UTR reguliert die Translation, enthält aber keine Start- oder Stop-Codons und kodiert somit nicht direkt für Proteine.)
(Cap-Struktur (5'-Cap), Regulatorische Sequenzen, ev. Exons) - 14Was ist der unterschied zwischen einer synonymen und einer nicht synonymen Basensubstitutionnicht synonym-> Bei der translation wird eine andere/ falsche Aminosäure translatiert
synonym -> silent mutation (gleiche Aminosäure) - 15welche Sequenztypen erschweren die Assemblierung großer komplexer Gene?Repeats
- 16Welche Art von Nukleinsäure besitzt SARS COV?RNA
(ist ein ssRNA Virus) - 17Aufgrund welcher strukturellen Eigenschaften ist die Vorhersage proteinkodierender Gene im menschlichen Genom immernoch schwierig?nicht jeder ORF kodiert für Proteine
alternatives spleißing
repetitive Sequenzen - 18wie viele gene schätzt man hat das menschliche Genom?etwa 20.000-25.000
- 19Wie macht das SARS- Virus aus zwei durch stop codons getrennten PK Genbereich ein Protein?Ribosomales Frameshifting
Das SARS-CoV-Virus (wie auch das SARS-CoV-2-Virus) nutzt eine Strategie namens Ribosomales Frameshifting (insbesondere -1 Ribosomal Frameshifting), um zwei durch Stopcodons getrennte proteinkodierende Genbereiche als ein Protein zu exprimieren. Diese Strategie ermöglicht es dem Virus, trotz der Stopcodons in seiner RNA-Sequenz, bestimmte Regionen zu überspringen und dadurch zusammenhängende Proteine zu produzieren. - 20Nenne einen Algorithmus zum erstellen eines molekularen StammbaumsNeedleman Wunsch (dynamic programming)
- 21Was ist das Problem der UPGMA methode?Es wird von einer konstanten Evolutionsrate ausgegangen,
kann nicht mehr von dem fertigen Stammbaum auf die Ausgangsmatrix schließen - 22Was ist ein Mono was ein Paraphylum?Monophylum-> enthällt die letzte gemeinsame Stammform und alle ihre untergruppen
paraphylum->enthällt die letzte gemeinsame Stammform aber nicht alle ihre untergruppen - 23Worin unterscheiden sich grundsätzlich Matrix orientierte Methoden von charakterorientierten Methoden?MO-> Squenzen werden in Distanz-Matrix konvertiert (durchschnittliche Änderung pro Position)
CM-> Jede Position wird als informative Einheit betrachtet - 24Was ist eine Außengruppe im Stammbaum?zur erstellung eines rooted tree
mit Evolutionsrichtung
ist die am weitesten entfernte mit den anderen Taxa entfernte Gruppe (aufspaltung am längsten zurückgehend) - 25Was sind die 4 Proteinebenen?1°-> Abfolge Aminosäure sequenz
2°->alpha helix beta faltblatt (nahortung des Proteinbackbones durch h2o Brücken)
3°->Die vollständige dreidimensionale Faltung der gesamten Polypeptidkette. (durch verschiedene Wechselwirkungen (hydrophobe Interaktionen, Wasserstoffbrücken, ionische Bindungen, Disulfidbrücken) stabilisiert)
4°-> Zusammenlagerung mehreren Polypeptidketten (Untereinheiten), die zu einem funktionalen Protein aggregieren. Die Quartärstruktur beschreibt die räumliche Anordnung und Wechselwirkungen dieser Untereinheiten. - 26Nenne die drei Techniken zur Protein Strucktur bestimmungRöntgenstruckturbestimmung
Elektromikroskopie
NMR - 27Welche Auflösung ist mit dem 3D Elektronenmikroskop möglich?3A (>5A)
- 28Was stellt ein Ramachandran plot dar, welche Schlüsse können daraus gezogen werden?Winkelverteilung (phi psi) im Protein
Zeigen Energetisch günstige Winkelkombinationen und Vorhersagen der 2° Strucktur
Information
- Description
- User has deleted their subject information Flashcards on Bioinformatik KLausur , created by Deleted user on 21/09/2024.
- Created by
- Deleted user · Sep 2024
- Updated
- Sep 21, 2024
- Views
- 9
- History
-
- Created by Alicia L · Sep 21, 2024
- Copied by Alicia L · Sep 21, 2024
- Rating