Alinhamento de Sequência

Alinhamento de Sequência

1. Alguns conceitos sobre sequenciamento

   • Identidade
     • Propriedades qúimicas semelhantes (muda alguns aminoácidos)
   • Similaridade
     • Aminoácidos na mesma posição
   • Homologia
     • 2 sequências possuem 1 ancestral em comum
   • Genes
     • Ortólogos
       • Mesma função, espécie diferente
     • Parálogos
       • Função diferente, mesmo ancestral
   • GAP
     • Aminoácidos sem correspondência em diferentes sequências (----)

2. Alguns conceitos sobre Alinhamento

   • Simples
     • 2 sequências
   • Múltiplo
     • + de 2 sequências
   • Local
     • Parte da sequência
   • Global
     • Toda a sequência

3. Alguns programas

   • BLAST

4. BLAST

   • Conjunto de programas que buscam similaridades entre proteínas
   • Como funciona?
     • Seeding
       • Onde se inicia o alinhamento
     • Extension
       • Estende o início do alinhamento
     • Evaluation
       • Alinhamentos relevantes
     • Qualidade
       • Score
         • Alinhamento de sequências iguais (+)
         • Alinhamento de sequências diferentes (-)
         • E-value
           • Valor associado a múltiplos testes de alinhamento
           • < valor, < probabilidade de ser alinhado aleatoriamente com outras sequências
             • E<10^-100 : Valor muito baixo, genes homólogos ou idênticos
             • E<10^-3 : Valor moderado, podem estar relacionados
             • E>1 : Valor alto, não tem relação

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