reading microarray raw data

Page 1

vamos aprender como carregar o microarray data no r

parsers: funções para ler arquivos de dados brutos como o .cell files

file.path é uma função que junta o base directory e o actual file name para criar um path exato

list.celfiles é uma função que lista todos os .celfiles que estão no directory

PODEMOS CHECAR QUE TODOS OS ARQUIVOS nesse diretorio são descritos na tabela com, se os file names combinam com os files no directory. para fazer isso, usamos: %in% que retorna um vetor logico

readaffy função que le os file names. colocamos nesse exemplo: filenames=file.path porque vamos vazer um path exato que inclui a base directory e no caso do exemplo, uma coluna que foi colocada entre [[

podemos extrair o pm (perfect match probe level intensities)

se quisermos obter informações sobre os genes que não estão armazenados, usamos a função annotation que retorna uma classe da tecnologia que o programa usa

usando um algoritmo chamado rma nos transformamos as informações de probe-level em informações de gene e se você quer so a informação genica, então você pode usar a função justRMA que vai ler e processar isso então você não tem que armazenar o data probe-level na sua sessão

Page 2

two color arrays

a função readTargets le os files em um formato especifico que ha no package limma. ele te conta o que há nos chanels. também te conta os files onde a informação está.

a função read.maimages é parecida com a função readaff porem é especifica do package limma. para usar essa função você tem que contar qual software produziu as imagens então você usa source=(nome do software)

o argumento path conta onde o data está.

o file MA.RG torna as coisas verdes e vermelhas e ao inves de salvar a informação como vermelho e verde, armazena como o log ratio

para fazer um plot é so fazer plot(MA$A) (por exemplo)

o argumento RG$printer conta o que o layout da imagem é.